In de stadsgeschiedenis van Vlissingen speelt de marine al 440 jaar een zeer belangrijke rol. Deze relatie begon in april 1572, toen de Vlissingers eigenhandig en zonder hulp van buiten de Spanjaarden versloegen en de stad uitzetten. Vlissingen was daarmee de eerste stad in de Nederlanden die zichzelf bevrijdde. De brief die Willem van Oranje in dat jaar schreef, laat daarover geen twijfel bestaan: hij hoopte dat vele andere steden het Vlissingse voorbeeld zouden gaan volgen.
Als beloning liet de prins de stad aanzienlijk versterken met nieuwe verdedigingswerken. Ook kwam er een nieuwe, vijfde haven. De meeste invloed op de verdere geschiedenis van Vlissingen had echter het besluit dat Willem van Oranje nam in 1576: hij vestigde er een van de hoofdzetels van de marine, de Zeeuwse Admiraliteit. Mede door de komst van deze vestiging zou Vlissingen in korte tijd veranderen van een vissersstad in een marinestad en, in tijden van oorlog, in een echte kapersstad. In de statistieken komt Vlissingen in de 16e, 17e en 18e eeuw naar voren als de stad met een onevenredig aantal marinemensen, van hoog tot laag. Hoewel de stad bij lange na niet behoorde tot de grootste van de Nederlanden, was het aantal zeehelden dat uit Vlissingen afkomstig was, groter dan in de andere marinesteden: 25. Zij vochten als leidinggevenden mee in maar liefst 36 zeeslagen. De helft daarvan vond plaats tijdens de drie Engelse Oorlogen in de tweede helft van de zeventiende eeuw. Naast Michiel De Ruyter behoren onder andere illustere namen als Evertsen, Hollaer en Bankert tot dit rijtje. .
De banden tussen Vlissingen en de marine werden in en na de 19e eeuw gecontinueerd. In de eerste plaats was de stad nog steeds een militaire haven. Ze werd ook de vestigingsplaats voor een van de twee marinewerven in Nederland en later, na de oprichting van de scheepswerf De Schelde, de plaats waar vele tientallen schepen voor de Koninklijke Marine werden gebouwd. Deze situatie duurt tot op de dag van vandaag voort. Rond 2000 speelden de zekerheid van de marineorders een grote rol in de overname van De Schelde door Damen. In maart 2014 werd bij de Vlissingse werf Damen Schelde, het vlaggenschip van de Koninklijke Marine, de Karel Doorman, ten doop gehouden. De komende jaren wordt bij de Buitenhaven de nieuwe marinierskazerne gebouwd die plaats moet gaan bieden aan zo’n 2.000 mariniers. Hierdoor zal ook de komende decennia de relatie tussen de Scheldestad en de marine zeer intensief blijven.